Da die Lyme-Borreliose eine bakterielle Infektion ist, wird die Krankheit mit Antibiotika behandelt. Eine Antibiotikakur von dreißig Tagen sollte laut den Richtlinien des CBO ausreichen, um die Lyme-Bakterien im Körper abzutöten, aber in den meisten Fällen ist auch eine kürzere Kur ausreichend, um zu heilen. Dies hängt jedoch vom Stadium der bakteriellen Infektion ab. Je früher die Lyme-Borreliose erkannt wird, desto besser und schneller kann der Patient geheilt werden.
Nach der Diagnose der Lyme-Borreliose wird in der Regel eine Behandlung mit dem Antibiotikum Doxycyclin gewählt, zweimal täglich 100 mg für zehn Tage. In einigen Fällen wird eine Behandlung mit Amoxicillin gewählt. Diese Antibiotikakur wird vor allem für Kinder empfohlen, die nicht älter als neun Jahre sind.
Das Problem bei der Lyme-Borreliose ist, dass eine Antibiotikakur nicht immer hilft. Antibiotika wirken oft, wenn die Lyme-Infektion noch im Anfangsstadium ist, aber wenn die Lyme-Borreliose in einem späten Stadium erkannt wird, hat die Behandlung mit Antibiotika weniger Wirkung. Manchmal hat das Antibiotikum sogar einen negativen Effekt auf den Körper, wodurch die Patienten noch mehr gequält werden. Aus diesem Grund wird auch nach einer Alternative zur Antibiotikakur gesucht. Es wird viel geforscht, aber bisher werden noch keine Alternativen angeboten.