Da es sich bei der Lyme-Borreliose um eine bakterielle Infektion handelt, wird die Krankheit mit Antibiotika bekämpft. Nach den CBO-Richtlinien sollte eine 30-tägige Behandlung mit Antibiotika ausreichen, um die Lyme-Bakterien im Körper abzutöten, aber in den meisten Fällen reicht auch eine kürzere Behandlung zur Heilung aus. Dies hängt jedoch vom Stadium der bakteriellen Infektion ab. Je früher die Borreliose erkannt wird, desto besser und schneller kann der Patient geheilt werden.
Nach der Diagnose der Borreliose wird in der Regel eine Behandlung mit dem Antibiotikum Doxycyclin, 100 mg zweimal täglich für die Dauer von 10 Tagen, gewählt. In einigen Fällen wird auch eine Behandlung mit Amoxicillin gewählt. Diese Antibiotikabehandlung wird insbesondere für Kinder empfohlen, die nicht älter als neun Jahre sind.
Das Problem bei Borreliose ist, dass eine Antibiotikabehandlung nicht immer hilft. Antibiotika helfen oft, wenn sich die Borreliose-Infektion noch im Anfangsstadium befindet, aber wenn die Borreliose erst in einem späten Stadium erkannt wird, ist die antibiotische Behandlung weniger wirksam. Manchmal hat das Antibiotikum sogar eine negative Wirkung auf den Körper, so dass die Patienten noch mehr leiden. Auch aus diesem Grund wird nach einer Alternative zur Antibiotikabehandlung gesucht. Es wird viel geforscht, aber bisher werden noch keine Alternativen angeboten.