Omdat de ziekte van Lyme een bacteriële infectie is, wordt de ziekte bestreden met antibiotica. Een antibioticakuur van dertig dagen zou volgens de richtlijnen van de CBO voldoende moeten zijn om de Lyme-bacteriën in het lichaam te doden, maar in de meeste gevallen is een kortere kuur ook al genoeg om te genezen. Dit heeft echter wel te maken met het stadium waarin de bacteriële infectie zich bevindt. Hoe eerder de ziekte van Lyme wordt herkend, hoe beter en sneller de patiënt kan worden genezen.
Na het vaststellen van de ziekte van Lyme wordt er in de meestal gekozen voor een behandeling met de antibiotica doxycycline, tweemaal daags 100 mg voor een duur van tien dagen. In sommige gevallen wordt er voor een behandeling met amoxicilline gekozen. Deze antibioticakuur wordt vooral aanbevolen voor kinderen die niet ouder zijn dan negen jaar.
Het probleem bij de ziekte van Lyme is dat een antibioticakuur niet altijd helpt. Antibiotica helpen vaak wél als de lyme-infectie nog in een beginstadium verkeert, maar als de ziekte van Lyme in een laat stadium wordt herkend dan heeft behandeling met antibiotica minder effect. Soms is het zelfs zo dat het antibioticum een negatief effect heeft op het lichaam, waardoor patiënten nog meer gekweld worden. Er wordt om die reden ook gezocht naar een alternatief voor de antibioticakuur. Er wordt veel onderzoek gedaan, maar vooralsnog worden er nog geen alternatieven aangeboden.
